Index

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_

__init__() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
(rtneuron._rtneuron.AttributeMap method)
(rtneuron._rtneuron.Camera method)
(rtneuron._rtneuron.CameraManipulator method)
(rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
(rtneuron._rtneuron.CameraPath.KeyFrame method)
(rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator method)
(rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
(rtneuron._rtneuron.Pointer method)
(rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
(rtneuron._rtneuron.RecordingParams method)
(rtneuron._rtneuron.Scene method)
(rtneuron._rtneuron.Scene.Object method)
(rtneuron._rtneuron.Scene.ObjectOperation method)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer method)
(rtneuron._rtneuron.TrackballManipulator method)
(rtneuron._rtneuron.View method)
(rtneuron.sceneops.SynapticProjections.SynapticProjections method)

A

add_hexagonal_prism() (in module rtneuron)
addAfferentSynapses() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
addEfferentSynapses() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
addGeometry() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
addKeyFrame() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
addModel() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
addNeurons() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
adjustWindow() (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer method)
allViews (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
apply() (rtneuron._rtneuron.Scene.Object method)
apply_camera_path() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
apply_compartment_report() (in module rtneuron)
apply_spike_data() (in module rtneuron)
attributeChanged (rtneuron._rtneuron.AttributeMap attribute)
AttributeMap (class in rtneuron._rtneuron)
attributes (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
(rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
(rtneuron._rtneuron.Scene.Object attribute)
(rtneuron._rtneuron.View attribute)

B

beginTime (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
BY_BRANCH_TYPE (rtneuron._rtneuron.ColorScheme attribute)
BY_DISTANCE_TO_SOMA (rtneuron._rtneuron.ColorScheme attribute)
BY_WIDTH (rtneuron._rtneuron.ColorScheme attribute)

C

Camera (class in rtneuron._rtneuron)
camera (rtneuron._rtneuron.View attribute)
CameraManipulator (class in rtneuron._rtneuron)
cameraManipulator (rtneuron._rtneuron.View attribute)
CameraPath (class in rtneuron._rtneuron)
cameraPath (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
CameraPath.KeyFrame (class in rtneuron._rtneuron)
cameraPathDelta (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
CameraPathManipulator (class in rtneuron._rtneuron)
CameraPathManipulator.LoopMode (class in rtneuron._rtneuron)
cellSelected (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
cellSetSelected (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
circuit (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
circuitBoundingSphere (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
clear() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
(rtneuron._rtneuron.Scene method)
clearClipPlanes() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
clearSimulation() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
clip() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
clipAll() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
ColorMap (class in rtneuron._rtneuron)
ColorScheme (class in rtneuron._rtneuron)
computeHomePosition() (rtneuron._rtneuron.View method)
create_scene() (in module rtneuron)
createConfig() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
createScene() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)

D

DataBasePartitioning (class in rtneuron._rtneuron)
DETAILED_SOMA (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)
display_circuit() (in module rtneuron)
display_empty_scene() (in module rtneuron)
display_morphology_file() (in module rtneuron)
display_shared_synapses() (in module rtneuron)
display_synapses() (in module rtneuron)

E

endTime (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
eventProcessorUpdated (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
exit() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
exitConfig() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
exited (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)

F

fileFormat (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
filePrefix (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
FINISHED (rtneuron._rtneuron.PlaybackState attribute)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
finished (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
flythrough() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
frame() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
frameCount (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
frameDelta (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator attribute)
frameIssued (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
front_ortho() (in module rtneuron.util.camera.Ortho)
front_to_top_rotation() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
front_view() (in module rtneuron.util.camera.Paths)

G

getActiveViewEventProcessor() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
getClipPlane() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
getColor() (rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
getHomePosition() (rtneuron._rtneuron.TrackballManipulator method)
getKeyFrame() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
(rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator method)
getKeyFrames() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
getPoints() (rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
getProjectionFrustum() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
getProjectionMatrix() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
getProjectionOrtho() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
getProjectionPerspective() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
getRange() (rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
getView() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
getViewMatrix() (rtneuron._rtneuron.Camera method)

H

help() (rtneuron._rtneuron.AttributeMap method)
HIGH_DETAIL_CYLINDERS (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)
highlight() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
highlightedNeurons (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)

I

idle (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
init() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
isOrtho() (rtneuron._rtneuron.Camera method)

K

key_to_gids() (in module rtneuron.util)

L

label_to_gids() (in module rtneuron.util)
load() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
(rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator method)
(rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
loopMode (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator attribute)
LOW_DETAIL_CYLINDERS (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)

M

make_front_ortho() (in module rtneuron.util.camera.Ortho)
make_front_view() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
make_top_ortho() (in module rtneuron.util.camera.Ortho)
make_top_view() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
makeOrtho() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
makePerspective() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
MEMBRANE_MESH (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)

N

NeuronClipping (class in rtneuron._rtneuron._sceneops)
NeuronLOD (class in rtneuron._rtneuron)
neuronSelectionMask (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
NO_AXON (rtneuron._rtneuron.RepresentationMode attribute)
NO_DISPLAY (rtneuron._rtneuron.RepresentationMode attribute)
NONE (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator.LoopMode attribute)
(rtneuron._rtneuron.DataBasePartitioning attribute)

O

object (rtneuron._rtneuron.Scene.Object attribute)
objects (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
orientation (rtneuron._rtneuron.CameraPath.KeyFrame attribute)

P

pause() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer method)
PAUSED (rtneuron._rtneuron.PlaybackState attribute)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
pick() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
play() (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer method)
playbackStart (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator attribute)
PlaybackState (class in rtneuron._rtneuron)
playbackStateChanged (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
playbackStop (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator attribute)
player (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
PLAYING (rtneuron._rtneuron.PlaybackState attribute)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
Pointer (class in rtneuron._rtneuron)
pointer (rtneuron._rtneuron.View attribute)
position (rtneuron._rtneuron.CameraPath.KeyFrame attribute)
progress (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
projectPoint() (rtneuron._rtneuron.Camera method)

Q

query() (rtneuron._rtneuron.Scene.Object method)

R

RANDOM (rtneuron._rtneuron.ColorScheme attribute)
record() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
(rtneuron._rtneuron.View method)
RecordingParams (class in rtneuron._rtneuron)
remove() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
removeKeyFrame() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
REPEAT (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator.LoopMode attribute)
replaceKeyFrame() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
RepresentationMode (class in rtneuron._rtneuron)
resume() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
rotate_around() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
rotation() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
ROUND_ROBIN (rtneuron._rtneuron.DataBasePartitioning attribute)
RTNeuron (class in rtneuron._rtneuron)
rtneuron (module)
rtneuron._rtneuron (module)
rtneuron._rtneuron._sceneops (module)
rtneuron.sceneops (module)
rtneuron.sceneops.SynapticProjections (module)
rtneuron.util (module)
rtneuron.util.camera (module)
rtneuron.util.camera.Ortho (module)
rtneuron.util.camera.Paths (module)

S

save() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
(rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
Scene (class in rtneuron._rtneuron)
scene (rtneuron._rtneuron.View attribute)
Scene.Object (class in rtneuron._rtneuron)
Scene.ObjectOperation (class in rtneuron._rtneuron)
SEGMENT_SKELETON (rtneuron._rtneuron.RepresentationMode attribute)
set_manipulator_home_position() (in module rtneuron.util.camera)
set_postsynaptic_attributes() (rtneuron.sceneops.SynapticProjections.SynapticProjections method)
set_presynaptic_attributes() (rtneuron.sceneops.SynapticProjections.SynapticProjections method)
setClipPlane() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
setHomePosition() (rtneuron._rtneuron.TrackballManipulator method)
setKeyFrames() (rtneuron._rtneuron.CameraPath method)
setPath() (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator method)
setPlaybackInterval() (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator method)
setPoints() (rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
setProjectionFrustum() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
setProjectionOrtho() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
setProjectionPerspective() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
setRange() (rtneuron._rtneuron.ColorMap method)
setShareContext() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
setSimulation() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
setView() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
setViewLookAt() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
show_anterograde_projections() (rtneuron.sceneops.SynapticProjections.SynapticProjections method)
show_retrograde_projections() (rtneuron.sceneops.SynapticProjections.SynapticProjections method)
simulationDelta (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
(rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
simulationDeltaChanged (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
simulationEnd (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
SimulationPlayer (class in rtneuron._rtneuron)
simulationStart (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
snapshot() (rtneuron._rtneuron.View method)
snapshot_to_notebook() (in module rtneuron)
SOLID (rtneuron._rtneuron.ColorScheme attribute)
SOMA (rtneuron._rtneuron.RepresentationMode attribute)
soma_positions() (in module rtneuron.util.camera)
somasBoundingSphere (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
SPATIAL (rtneuron._rtneuron.DataBasePartitioning attribute)
SPHERICAL_SOMA (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)
start_app() (in module rtneuron)
start_shell() (in module rtneuron)
startTime (rtneuron._rtneuron.CameraPath attribute)
stereoCorrection (rtneuron._rtneuron.CameraPath.KeyFrame attribute)
stopAtCameraPathEnd (rtneuron._rtneuron.RecordingParams attribute)
stopTime (rtneuron._rtneuron.CameraPath attribute)
SWING (rtneuron._rtneuron.CameraPathManipulator.LoopMode attribute)
synapsesBoundingSphere (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
synapseSelected (rtneuron._rtneuron.Scene attribute)
SynapticProjections (class in rtneuron.sceneops.SynapticProjections)

T

targets_to_gids() (in module rtneuron.util)
textureSize (rtneuron._rtneuron.ColorMap attribute)
textureUpdated (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
timestamp (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
timestampChanged (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
top_ortho() (in module rtneuron.util.camera.Ortho)
top_view() (in module rtneuron.util.camera.Paths)
TrackballManipulator (class in rtneuron._rtneuron)
TUBELETS (rtneuron._rtneuron.NeuronLOD attribute)

U

unclip() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
unclipAfferentBranches() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
unclipAll() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
unclipEfferentBranches() (rtneuron._rtneuron._sceneops.NeuronClipping method)
unprojectPoint() (rtneuron._rtneuron.Camera method)
update() (rtneuron._rtneuron.Scene method)
(rtneuron._rtneuron.Scene.Object method)
useLayout() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)

V

versionString (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)
View (class in rtneuron._rtneuron)
viewDirty (rtneuron._rtneuron.Camera attribute)
views (rtneuron._rtneuron.RTNeuron attribute)

W

wait() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
waitFrame() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
waitFrames() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
waitRecord() (rtneuron._rtneuron.RTNeuron method)
WHOLE_NEURON (rtneuron._rtneuron.RepresentationMode attribute)
window (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)
windowChanged (rtneuron._rtneuron.SimulationPlayer attribute)